| 2025年04月 | MOL Chemical Tankers Pte. Ltd. (本社：シンガポール)によるFairfield Chemical Carriers Pte. Ltd.の吸収合併化 |
| 2025年04月 | MOLマリン＆エンジニアリング株式会社、商船三井オーシャンエキスパート株式会社、及び株式会社MOLシップテックが合併し、商船三井マリテックス株式会社に商号変更（存続会社はMOLマリン＆エンジニアリング株式会社） |
| 2025年01月 | Gearbulk Holding AG（本社：スイス）を連結子会社化 |
| 2024年03月 | Fairfield Chemical Carriers Pte. Ltd.（本社：シンガポール）を完全子会社化 |
| 2024年01月 | 株式会社北拓を子会社化 |
| 2023年10月 | 商船三井フェリー株式会社と株式会社フェリーさんふらわあが合併（存続会社は商船三井フェリー株式会社）し、株式会社商船三井さんふらわあに商号変更 |
| 2022年11月 | 商船三井ロジスティクス株式会社の完全子会社化 |
| 2022年04月 | 不定期船事業、木材チップ船事業、及びパナマックス事業（鉄鋼産業・国内電力向けを除く）を商船三井ドライバルク株式会社へ譲渡 ダイビル株式会社の株式を公開買付し、完全子会社化 |
| 2022年03月 | 株式会社宇徳の株式を公開買付し、完全子会社化 |
| 2021年04月 | 株式会社MOLマリンとMOLエンジニアリング株式会社が合併し、MOLマリン＆エンジニアリング株式会社に商号変更（存続会社は株式会社MOLマリン） 商船三井近海株式会社から商船三井ドライバルク株式会社へ商号変更 |
| 2017年07月 | 当社、川崎汽船株式会社、日本郵船株式会社の３社が、定期コンテナ船事業統合会社としてオーシャン ネットワーク エクスプレス ホールディングス株式会社を設立（在邦持株会社。事業運営会社は在シンガポールのOCEAN NETWORK EXPRESS PTE. LTD.） |
| 2016年10月 | 株式会社ジャパンエキスプレス（本店：横浜）の海外引越事業を除く全事業を株式会社宇徳に譲渡（株式会社ジャパンエキスプレス（本店：横浜）は事業を停止） |
| 2016年07月 | 株式会社ジャパンエキスプレス（本店：横浜）の海外引越事業を商船三井ロジスティクス株式会社に譲渡 |
| 2014年10月 | 株式会社エム・オー・エル・マリンコンサルティングと株式会社MOLケーブルシップが合併し、株式会社MOLマリンに商号変更（存続会社は株式会社エム・オー・エル・マリンコンサルティング） |
| 2011年10月 | 関西汽船株式会社、株式会社ダイヤモンドフェリー、及び株式会社フェリーさんふらわあが合併（存続会社は株式会社フェリーさんふらわあ） |
| 2009年10月 | 関西汽船株式会社と株式会社ダイヤモンドフェリーは共同株式移転により株式会社フェリーさんふらわあを設立 |
| 2009年09月 | 日産専用船株式会社を子会社化 |
| 2009年04月 | 関西汽船株式会社を子会社化 |
| 2008年10月 | 商船三井テクノトレード株式会社と山和マリン株式会社が合併 (存続会社は商船三井テクノトレード株式会社） |
| 2007年07月 | 株式会社ダイヤモンドフェリーと株式会社ブルーハイウエイ西日本が合併 (存続会社は株式会社ダイヤモンドフェリー） |
| 2007年06月 | 商船三井フェリー株式会社と九州急行フェリー株式会社が合併 (存続会社は商船三井フェリー株式会社） |
| 2006年03月 | 宇徳運輸株式会社（現 株式会社宇徳）の株式を公開買付し、子会社化 |
| 2004年10月 | ダイビル株式会社の株式を公開買付し、子会社化 |
| 2001年07月 | 株式会社エム・オー・シーウェイズにナビックス近海株式会社の近海部門を移管し、それぞれ商船三井近海株式会社及びナビックス内航株式会社に商号を変更（ナビックス内航株式会社は2003年７月に商船三井内航株式会社と、2014年９月に株式会社商船三井内航とそれぞれ商号を変更） |
| 2001年03月 | 商船三井フェリー株式会社（現 株式会社商船三井さんふらわあ）発足 |
| 2000年04月 | 商船三井興業株式会社、日本工機株式会社、ナビックステクノトレード株式会社が合併し、商船三井テクノトレード株式会社発足 |
| 1999年04月 | ナビックス ライン株式会社と合併し、商号を「株式会社 商船三井」に変更 株式会社商船三井エージェンシイズ（神戸）、株式会社商船三井エージェンシイズ (横浜)、東海シッピング株式会社、モンコンテナ株式会社が合併し、株式会社エム・オー・エル・ジャパン（オーシャン ネットワーク エクスプレス ホールディングス株式会社に譲渡済）が発足し、定航営業部、大阪支店、名古屋支店の業務を同社に移管 |
| 1996年04月 | 東京マリン株式会社（現 MOL Chemical Tankers Pte. Ltd.）を子会社化 |
| 1995年10月 | 新栄船舶株式会社を合併 |
| 1993年10月 | 日本海汽船株式会社を合併 |
| 1990年08月 | 株式会社ダイヤモンドフェリーに資本参加 |
| 1989年07月 | 三井航空サービス株式会社と商船航空サービス株式会社が合併し、エムオー エア システム株式会社（現、商船三井ロジスティクス株式会社）発足 |
| 1989年06月 | 山下新日本汽船株式会社とジャパンライン株式会社が合併し、ナビックス ライン株式会社 発足 |
| 1986年08月 | 北米における定期船・物流部門を統括するMITSUI O.S.K.LINES(AMERICA),INC. (現、MOL (AMERICA) LLC.）を設立 |
| 1970年10月 | 船客部門業務を分離し、商船三井客船株式会社設立 |
| 1969年08月 | 日本沿海フェリー株式会社発足 |
| 1966年10月 | 内航近海部門を分離し、商船三井近海株式会社を設立 |
| 1964年04月 | 海運再建整備に関する臨時措置法に基づき、大阪商船株式会社と三井船舶株式会社が（三井船舶株式会社を存続会社として）対等合併し、本店を大阪市に置き商号を「大阪商船三井船舶株式会社」と変更、合併時の資本金131億円、所有船舶86隻127万重量トン |